متوکل عباسی، خلیفه ستمگر وقت، گزارشهای متعددی دریافت کرد که مردم مدینه به امام هادی (ع) گرایش پیدا کردهاند و احتمال قیام وجود دارد. او برای کنترل امام و قطع ارتباط ایشان با پایگاه اصلی شیعیان، دستور داد امام را به اجبار از مدینه به سامرا (که پادگان نظامی و مرکز حکومت بود) منتقل کنند. این تبعید، آغاز فصل دشواری از محاصره و آزار برای اهل بیت بود.
سامرا در آن زمان شهری بود که توسط معتصم عباسی برای اسکان لشکر ترکان بنا شده بود. امام هادی (ع) و فرزندشان امام حسن عسکری (ع) مجبور شدند در محلهای به نام «عسکر» (منطقه نظامی) زندگی کنند تا تمام رفت و آمدهایشان تحت کنترل باشد. به همین دلیل این دو امام بزرگوار به «عسکریین» شهرت یافتند.
با توجه به حصر خانگی و دشواری دسترسی مردم به امام، ایشان «سازمان وکالت» را تقویت و گسترش دادند. وکلا افرادی امین در شهرهای مختلف بودند که رابط بین امام و مردم بودند. این سیستم، جامعه شیعه را برای دوران غیبت امام زمان (عج) آماده کرد و از فروپاشی تشیع جلوگیری نمود.
یکی از مهمترین اقدامات فرهنگی امام هادی (ع)، آموزش «زیارت جامعه کبیره» بود. در دورانی که جایگاه امام توسط غالیان یا دشمنان تحریف میشد، این زیارتنامه با زبانی فصیح و دقیق، مقامات ملکوتی و وظایف ائمه اطهار (ع) را تبیین کرد و به عنوان صحیحترین متن امامشناسی باقی ماند.
سرانجام پس از سالها تحمل آزار و اذیت، زندانهای مکرر و بیحرمتیها (مانند احضار به بزم شراب متوکل)، امام هادی (ع) در سن حدود 41 سالگی با دسیسه خلیفه عباسی مسموم و به شهادت رسیدند. پیکر مطهر ایشان در همان خانه مسکونیشان در سامرا دفن شد.
