در دوران انتقال قدرت از بنیامیه به بنیعباس، امام صادق (ع) از فرصت کوتاه آزادی سیاسی استفاده کردند و بزرگترین دانشگاه اسلامی را در مدینه تأسیس نمودند. در این مکتب، بیش از ۴۰۰۰ شاگرد در رشتههای مختلف فقه، کلام، تفسیر، شیمی، طب، نجوم و ریاضیات تربیت شدند. وسعت این دانشگاه به حدی بود که حسن وشّاء میگوید: در مسجد کوفه ۹۰۰ نفر را دیدم که همگی میگفتند حدثنی جعفر بن محمد.
جابر بن حیان که در غرب به «Geber» شناخته میشود، پدر علم شیمی نوین است. او صراحتاً در کتابهایش مینویسد که دانش خود را از سرورم جعفر بن محمد آموختهام. اکتشافاتی نظیر جوهر شوره (اسید نیتریک)، تیزاب سلطانی و تقطیر، حاصل تعالیم امام به این شاگرد نخبه بود.
کلاس درس امام صادق (ع) محدود به شیعیان نبود. دانشمندان و فقیهانی از سایر مذاهب اسلامی و حتی زنادقه (دهریون) نیز به محضر ایشان میآمدند و سؤالات خود را مطرح میکردند. رفتار کریمانه و استدلالهای منطقی امام باعث جذب بسیاری از مخالفان شد.
در میان شاگردان امام، گروهی به «اصحاب اجماع» معروفند. اینها کسانی هستند که علمای رجال بر صحت تمام روایاتی که آنها نقل کردهاند (به شرط صحت سند تا خود آنها) اجماع دارند. چهرههایی مانند زراره، فضیل بن یسار و محمد بن مسلم ستونهای فقه شیعه محسوب میشوند.
امام صادق (ع) شاگردانش را به نوشتن ترغیب میکردند و میفرمودند: «بنویسید که تا ننویسید حفظ نمیکنید». حاصل این تأکید، تدوین «اصول اربعمأة» (چهارصد کتاب اولیه حدیثی) توسط شاگردان بود که بعدها منبع اصلی کتب اربعه شیعه (کافی، من لا یحضره الفقیه، تهذیب و استبصار) شد.
