پس از عزل امیرکبیر از صدارت، دشمنان داخلی و خارجی به این حد قانع نشدند. آنها میدانستند حضور امیرکبیر در تهران هم خطرناک است. بنابراین شاه را متقاعد کردند که او را به کاشان تبعید کند. این تبعید در واقع مقدمه ای برای اجرای نقشه شوم قتل او دور از چشم مردم و هوادارانش بود.
حاج علی خان مراغه ای، حاجب الدوله، مأموریت یافت تا حکم قتل را اجرا کند. او با عجله و بدون اطلاع قبلی وارد باغ فین شد. امیرکبیر که در حمام بود، با شنیدن حکم، غسل کرد و با بزرگواری پذیرفت که رگ های دستش زده شود. جلادان منتظر ماندند تا خونریزی او را از پای درآورد و سپس با لگد به سینه مبارکش کار را تمام کردند.
ناصرالدین شاه اگرچه امیرکبیر را دوست داشت و او را اتابک (پدر) خطاب میکرد، اما شخصیتی متزلزل و دهن بین داشت. او تحت تأثیر القائات مادرش و میرزا آقاخان نوری، تصور کرد امیر قصد توطئه علیه سلطنت را دارد. گفته میشود شاه لحظاتی بعد از امضای حکم پشیمان شد، اما پیک های مرگ سریعتر از پیک های پشیمانی حرکت کرده بودند.
در زمان قتل امیرکبیر، ایران در شرایط حساسی بود. انگلستان و روسیه شدیداً نفوذ داشتند و امیرکبیر سدی محکم در برابر غارتگری آنها بود. حذف امیرکبیر در واقع یک کودتای نرم توسط جریان نفوذ برای باز کردن دوباره راه چپاول ایران بود.
خبر شهادت امیرکبیر با اندوه فراوان در میان مردم پخش شد، اما جو خفقان اجازه اعتراض علنی نمیداد. حتی جسد او را ابتدا غریبانه در کاشان دفن کردند. بعدها همسرش عزت الدوله (خواهر شاه) با پافشاری پیکر را به کربلا منتقل کرد. این جنایت چهره ناصرالدین شاه را برای همیشه در تاریخ منفور ساخت.
