دوران امام صادق (ع) دوران گذار قدرت از امویان به عباسیان بود. این خلاء سیاسی فرصتی بینظیر برای امام فراهم کرد تا بزرگترین نهضت علمی جهان اسلام را پایهگذاری کنند. مدینه تبدیل به دانشگاهی شد که مشتاقان علم از سراسر جهان اسلام به آنجا میآمدند. کلاسهای درس ایشان محدود به فقه نبود؛ بلکه شامل طب، نجوم، شیمی، ریاضیات و کلام نیز میشد. این جامعیت علمی، پایه تمدن درخشان اسلامی را بنا نهاد.
اگرچه تمام ائمه (ع) نور واحد هستند و علمشان الهی است، اما شرایط اجتماعی زمان امام صادق (ع) اجازه داد تا ایشان بیشترین روایات فقهی و اعتقادی را بیان کنند. اکثر احادیث فقهی شیعه از ایشان نقل شده است. ایشان ساختار فقه شیعه را مدون کردند و اصول استنباط احکام را به شاگردان آموختند. به همین دلیل مذهب شیعه دوازده امامی را مذهب جعفری مینامند.
یکی از ویژگیهای بارز مکتب امام صادق (ع)، آزاداندیشی و برگزاری جلسات مناظره بود. ایشان به ملحدان و پیروان سایر ادیان اجازه میدادند شبهات خود را مطرح کنند و با صبر و منطق پاسخ میدادند. مناظرات ایشان با ابن ابیالعوجاء (مادیگرا) و سران معتزله و اشاعره، الگوی برخورد علمی با مخالفان است. ایشان هرگز با تعصب کورکورانه برخورد نمیکردند، بلکه با برهان قاطع طرف مقابل را تسلیم میکردند.
جابر بن حیان که در غرب به «Geber» و پدر علم شیمی شناخته میشود، صراحتاً در کتابهایش مینویسد که علم خود را از «جعفر بن محمد (ع)» آموخته است. این نشان میدهد که مکتب تشیع تنها به آخرت نمیپردازد، بلکه پیشرفتهای دنیوی و علمی بشر نیز مورد توجه امامان بوده است. آموزههای امام صادق (ع) قرنها جلوتر از زمان خود بود.
امام صادق (ع) علاوه بر دشمنان خارجی، با انحرافات داخلی مانند جریان «غلو» (که ائمه را خدا میدانستند) و صوفیگری (زهد افراطی) مبارزه میکردند. ایشان مرز دقیق بین محبت اهل بیت و غلو را مشخص کردند و اسلام ناب را از خرافات پالایش نمودند. ایشان اسلام را دین تعادل، کار، تلاش و عبادت معرفی کردند، نه گوشهنشینی و صوفیگری.
